علي (ع) از اين مشكلها و دهها مشكل سخت‌تر از آن، آگاه بود و مي‌گفت:
«مرا بگذاريد و ديگري را به دست آريد كه پيشاپيش كاري مي‌رويم كه آن را رويه‌هاست و گونه گون رنگهاست، دلها برابر آن برجاي نمي‌ماند و خردها بر پاي. همانا كران تا كران را ابر فتنه پوشيده است و راه راست ناشناسا گرديده و بدانيد كه اگر من درخواست شما را پذيرفتم با شما چنان كار مي‌كنم كه خود مي‌دانم و به گفته‌ي گوينده و ملامت سرزنش كننده گوش نمي‌دارم. و اگر مرا واگذاريد همچون يكي از شمايم و براي كسي كه كار خود را بدو مي‌سپارند، بهتر از ديگران فرمانبردار و شنوايم. من اگر وزير شما باشم بهتر است تا امير شما باشم».
بعضي مورخان نوشته‌اند همان روز كه عثمان كشته شد با علي (ع) بيعت كردند، ولي بعضي نوشته‌اند گفتگو دو سه روز به درازا كشيد و بعضيها هشت روز نوشته‌اند وبايد چنين باشد. حاضران گفتند تو را رها نمي‌كنيم تا با تو بيعت كنيم. گفت: «اگر چنين است بيعت بايد در مسجد انجام گيرد».
نوشته‌اند نخست كس كه با او بيعت كرد طلحه بود كه با دست شَل بيعت كرد. بيعت مردم با علي (ع) بيعت انبوه مردم بود و او چنين فرمايد:
«چنان بر من هجوم آوردند كه شتران تشنه به آبشخور روي آرند و چراننده پاي بند آنها را بردارد و يكديگر را بفشارند؛ چندانكه پنداشتم خيال كشتن مرا در سر مي‌پرورانند يا در محضر من بعضي خيال كشتن بعضي ديگر را دارند».
و در جاي ديگر فرمايد:
«ناگهان ديدم مردم از هر سوي روي به من نهادند و چون يال كفتار پس و پيش هم ايستادند؛ چندانكه انگشتان شست پايم فشرده گشت و دو پهلويم آزرده. به گرد من فراهم و چون گلّه‌ي گوسفند سر نهاده به هم».
«دستم را گشودند بازش داشتم، و آن را كشيدند نگاهش داشتم. سپس بر من هجومآوردند، همچون شتران تشنه كه روز آب خوردن به آبگيرهاي خود در آيند؛ چندانكه بند پاي افزار بريد و ردا افتاد و ناتوان پايمال گرديد. و خشنودي مردم در بيعت من بدانجا رسيد كه خردسال شادمان شدو سالخورده لرزان و لرزان بدانجا دوان».
يكي از سخنان او كه نشان دهنده‌ي سختگيري وي در كار بيت المال و نماينده‌ي درجه‌ي تقوا و عدالت اوست و شايد در همان روزهاي نخست گفته باشد، اعتراض وي به بخشش‌هاي عثمان از بيت المال است:
«به خدا اگر ببينم به مهر زنان يا بهاي كنيزكان رفته باشد آن را باز مي‌گردانم كه در عدالت گشايش است و آنكه عدالت را بر نتابد ستم را سخت‌تر يابد».
طبري نوشته است: «چون مردم با علي(ع) بيعت كردند گروهي از امويان از مدينه گريختند». از آن روز مكه پايگاهي براي مخالفان علي (ع) گرديد.
به هر حال مردم در حالي با علي (ع) به خلافت بيعت كردند كه مشكلهاي سياسي و اداري فراواني در حوزه‌ي اسلامي پديد آمده بود. او در دشوارترين شرايط زماني به خلافت رسيد؛ زيرا مردم عصر وي تنها آنان نبودند كه با او بيعت كردند، هر چند ميان بيعت كنندگان هم كساني يافت مي‌شدند كه خدا مي‌دانست در دلشان چه مي‌گذرد. اما بيشتر مردم در مكه، كوفه و بصره و ديگر ايالتها با سنتي پرورده شده بودند كه يك ربع قرن با سنت زمان رسول مغايرت داشت. علي (ع) مي‌خواست آنان را به سنتي كه خود او بدان رفته بود و مي‌رفت و يا ران خاص رسول بدان سنت بودند برگرداند، آيا چنين كاري محال و يا لااقل سخت و دشوار نبود؟
حاكماني ستمكار بر سر كار بودند و او بايست آنان را از كار بركنار كند. اين حاكمان هر يك به خانواده‌اي تعلق داشت، و هر خانواده به قبيله‌اي بسته بود، آيا آنان آرام مي‌نشستند؟